La transition materno-embryonnaire correspond au moment où le contrôle du développement embryonnaire passe du transcriptome maternel au transcriptome embryonnaire. Elle implique l’élimination des transcrits maternels et l’activation du génome embryonnaire, qui se déroule entre les stades huit et seize cellules chez les bovins. Notre étude s’est intéressée à l’effet que pouvait avoir le développement morphocinétique précoce sur cette transition materno-embryonnaire chez les embryons bovins. Une analyse transcriptomique a donc été réalisée sur des embryons bovins au stade 16-32 cellules (postactivation du génome embryonnaire) et prédits dans quatre catégories morphocinétiques de blastocystes : A, B, C et D, classées selon un gradient décroissant de similitude avec les standards de la littérature, jugés normaux. La catégorie D étant donc l’extrême opposé à la catégorie A, et présentant des divisions anormales et/ou une cyclicité arythmique, mais atteignant tout de même le stade blastocyste « transférable ». La comparaison quantitative entre les différentes catégories a révélé que les catégories A et D étaient celles qui présentaient le plus de différences dans leur transcriptome. Soixante gènes étaient surexprimés dans la catégorie A par rapport à la catégorie D et inversement, 899 gènes étaient surexprimés dans la catégorie D par rapport à la catégorie A. 2,5% des gènes surexprimés dans les embryons de la catégorie A avaient un profil maternel et 47,5% avaient un profil embryonnaire. Dans les embryons de la catégorie D, 37,5% avaient un profil maternel contre 6,3% qui avaient un profil embryonnaire. Aucune voie fonctionnelle n’était enrichie par les gènes surexprimés dans la catégorie A comparée à la catégorie D, alors que treize voies fonctionnelles ont été mises en évidence comme étant enrichies par les gènes surexprimés dans les embryons de la catégorie D. Ces voies étaient liées à la régulation positive ou négative de la transcription, à la régulation de la kinase sérine-thréonine, à la régulation négative du système immunitaire, à des phénotypes générant de la létalité néo- et post-natale et à des anomalies de signaux dans les synapses. Cet enrichissement de voies fonctionnelles de manière exclusive aux embryons ayant présenté des anomalies morphocinétiques serait dû à la forte proportion de transcrits maternels dans ces embryons là. Ils possèdent donc un retard de transition materno-embryonnaire comparés aux embryons n’ayant pas présenté d’anomalie de développement morphocinétique visible, imputable à un retard de dégradation et/ou d’utilisation des transcrits maternels. De plus, ces embryons pourraient faire face à un retard d’activation de leur génome accentuant cette différence. Dans tous les cas, cette étude est la première à montrer que le profil morphocinétique des embryons bovins a des répercussions sur leur transition materno-embryonnaire. Ce sera donc un facteur à prendre en compte lors de futures études sur cette étape du développement.